A múzeum megnyitásától számítva mintegy másfél évtizedes késéssel kialakított gyűjteménynek három "forrása" volt. Az egykori Városi Múzeum fennmaradt természetrajzi tárgyai, Déri Frigyes adományának föld- és őslénytani része, valamint a második világháborúban súlyos károkat szenvedett Hortobágyi Múzeum megmentett madártani anyaga.

Érdekes módon a múzeum önálló Történeti Osztályának létrejöttére egészen 1962-ig várni kellett. De ez nem jelentette azt, hogy a múzeum anyagából hiányoztak volna a történeti vonatkozású tárgyak, dokumentumok. Röviden ismertetjük a gyűjtemény történetét.

Debrecen már múzeumának alapítása előtt is rendelkezett néhány festményből álló kollekcióval. A városháza falait díszítő, vagy raktáraiban lévő művek azonban nem kerültek nyilvánosság elé. Amikor a múzeumot alapító Löfkovits Arthur 1902. decemberében felajánlotta szerény, de igen értékes festészeti anyagát, a város vezetői is átadták a birtokukban lévő festészeti anyag jelentős részét az 1905. május 22-én megnyíló Városi Múzeumnak.

Az Iparművészeti gyűjtemény alapjait a Déri Múzeum jogelődjének számító Városi Múzeum munkatársai rakták le Zoltai Lajos irányításával. A kollekció első, és legnagyobb mértékű gyarapodására 1920-ban került sor, amikor a gazdag bécsi műgyűjtő, Déri Frigyes, gyűjteményét Debrecen városának adományozta. Kiemelt gyűjteményi egység még a Szomolányi gyűjtemény.

A Déri Múzeum könyvtára korlátozottan nyilvános szakkönyvtár. Kiemelt feladatának tekinti a múzeumi tudományterületeken dolgozók, kutatók szakirodalmi ellátását, a tudományos kutatómunka és a szakemberek tudományos előmenetelének támogatását. Ennek érdekében a múzeumi terület speciális irodalmát a lehetőségekhez képest beszerzi és használatba adja.

A Déri Múzeum egyik fontos segédtára a Fotótár. A gyűjtemény fő célkitűzése a magyar fényképészeti örökség helyi jelentőségű darabjainak felkutatása, megőrzése és feldolgozása. A gyűjtemény fókuszában a múzeum gyűjtőterületével megegyező régió, a történeti Bihar illetve Hajdú vármegye területének fényképi reprezentációja áll, különös tekintettel Debrecen városára. Röviden bemutatjuk a gyűjtemény rövid történetét, és egy-két érdekesebb fotót is közzéteszünk.